Fernando Ruiz Vergara neix a Sevilla el 1942. La seva carrera artística comença en l'àmbit de la pintura, escultura i ceràmica, participant en diverses exposicions individuals i col·lectives a Barcelona, Brussel·les, Lisboa, Sevilla i Huelva.

Entre 1974 i 1975, mentre operava la censura a Espanya, organitza cicles cinematogràfics per a espanyols al nord i sud de Portugal, desenvolupant un activisme polític mitjançant el "cinema militant".  

En 1975 co-funda la llibreria Iberlibro a Lisboa i el Centre de Intervençao Cultural (C.I.C). En aquest, dirigeix el Cinema Stadium de Alges Dafundo i organitza la 1ª Mostra Internacional de Cinema de Intervençao un any després a Estoril. També co-funda a Sevilla l'Equip de Cinema Andalús E.C.A, Cooperativa de Producció. 

En 1980 dirigeix i produeix el polèmic documental Rocío, que obté el primer premi del 1r Festival de Sevilla. Aquest documental va ser censurat en tot el territori nacional i encara avui no es permet l'emissió d'un fragment d'aquest documental al nostre territori. Aquesta obra es va convertir en la primera pel·lícula segrestada judicialment a Espanya després de l'aprovació de la constitució de 1978 i després de la desaparició dels mecanismes del franquisme per a la censura, estant encara avui prohibida l'emissió d'un fragment en el nostre territori. L'exhibició, a més de causar un gran escàndol en una societat en transició, va ser seguida per la denúncia d'alguns afectats, la qual cosa va portar a la presó a l'autor i a la censura de fragments.

A la fi dels 80 dirigeix un documental sobre la vida del músic portuguès Fernando Lopes Graça, i guioniza altres projectes per a televisió, Os ventos, A llum occidental, Igrejas Ad Laetere; i productores privades, com As seitas.

Ruiz Vergara mor en Escalos de Baixo, Portugal en 2011.